پدر بزرگوار امام باقر(ع)، حضرت زین العابدین (ع) و مادرشان حضرت فاطمه بنت الحسن(ع) است. مادر ایشان دختر امام مجتبی (ع) بوده است. به همین سبب از امام باقر(ع) به بعد، امامان معصوم (ع) همگی از طرف پدر به امام حسین (ع) و از طرف مادر به امام حسن مجتبی (ع) می‌رسند. در زیارت‌نامه حضرت معصومه نیز می‌خوانیم: «السلام علیک یا بنت الحسن و الحسین»؛ چون حضرت معصومه (ع) نیز هم‌زمان حسینی و حسنی است. مادر امام باقر (ع) شخصیت بسیار والامقامی بوده است. برای او از القاب سیده، زکیه، فاضله و صدیقه استفاده می‌کرده‌اند. امام صادق (ع) درباره او فرمود: «کانت صدیقة لم تُدرک فی آل الحسن مثلُها»، یعنی مثل ایشان در دودمان امام مجتبی (ع) دیده نشد.
درباره نام‌گذاری حضرت باقر (ع) روایت داریم که رسول الله (ص) نام او را برای اولین بار انتخاب کرد و افراد را به ولادت او مژده داد. کنیه او أباجعفر است. البته ائمه (ع) همگی بیش از یک کنیه دارند، ولی امام باقر (ع) تنها یک کنیه دارد. کنیه امام جواد (ع) نیز أباجعفر است که به عنوان أبا جعفر ثانی شناخته می‌شود.  
امام باقر(ع) القاب متعددی دارد؛ از جمله امین، شاکر، شاهد، هادی و شبیه. لقب «شبیه» به خاطر شباهت او به رسول الله(ص) است. اما معروف‌ترین لقب حضرت، همان باقر یا باقر العلوم است که ریشه در سخن پیامبر(ص) دارد؛ سخنی که توسط جابر بن عبد الله انصاری نقل شده است. روایت جابر در جلد اول اصول کافی و همچنین در کتاب رجال کشّی، به این شرح آمده است. أبان بن تغلب از امام صادق(ع) نقل می‌کند: «جابر بن عبد الله الأنصاری کان آخر من بقی من أصحاب رسول الله(ص) و کان رجلا منقطعا إلینا أهل البیت و کان یبعد فی مسجد رسول الله و هو مؤتجر بعمامة سوداء و کان ینادی یا باقر العلم! فکان أهل المدینة یقولون جابر یحجر. فقال لا أحجر و لکنّی سمعت رسول الله یقول إنک ستدرک رجلا منّی اسمه اسمی و شمایله شمایلی یبقر العلم بقرا. فذلک الذی دعانی إلی ما أقول».
آخرین صحابی پیامبر(ص) که حضرت را به چشم خودش دیده بود و عمر طولانی و بابرکتی داشت، جابر بود. پس از فوت جابر،‌ دیگر نوبت به تابعین رسید و کسی از اصحاب در قید حیات نبود. امام صادق (ع) درباره جابر فرمود:‌ او در جهت ما اهل بیت(ع) از همه بریده بود. چنانکه در دعا می‌خوانیم: «إلهی هب لی کمال الإنقطاع إلیک»، یعنی از همه ببریم و به سمت خدا برویم. این توصیف، نشان‌دهنده مقام بسیار والای جابر است.
در روایت بالا امده است  که جابر عمامه سیاهی بر سر می‌بست و در مسجد رسول الله(ص) راه می‌رفت. در آن زمان عمامه سیاه و عمامه سفید مثل امروز، نشانه سیادت و عدم سیادت نبود. خود پیامبر (ص) گاهی عمامه سفید و گاهی عمامه سیاه بر سر می‌گذاشت. عمامه سفید معمولاً برای اعیاد و چنین مناسبت‌هایی بود و عمامه سیاه برای کارهای مهم حکومتی، سیاسی و ولایتی. به عنوان مثال، در واقعه غدیر که حضرت می‌خواست علی بن أبی طالب(ع) را به جانشینی خود انتخاب کند، عمامه‌ سیاه بر سر داشت. جابر نیز عمامه سیاه به سرش می‌بست و در مسجد رسول خدا(ص) صدا می‌زد: «ای باقر العلوم! ای باقر العلوم!» مردمی که این رفتار جابر را می‌دیدند، او را متهم به پیری و هذیان‌گویی می‌کردند. ولی جابر می‌گفت: به خدا سوگند هذیان نمی‌گویم. من از پیامبر(ص) شنیدم که فرمود: «جابر! تو شخصیتی را  درک می‌کنی که از من است، هم‌اسم و هم‌شکل و شمایل من است. او علم را می‌شکافد، چه شکافتنی!»
در ادامه حدیث آمده است: «فبینما جابر یتردد ذات یوم فی بعض طرق المدینه إذ مرّ بطریق فی ذاک الطریق کتّاب، فیها محمد بن علی. فلما نظر إلیه قال یا غلام أقبل فأقبل، ثم قال أدبر فأدبر، ثم قال شمایل رسول الله والذی نفسی بیده. ثم قال یا غلام ما اسمک؟ قال اسمی محمد بن علی بن الحسین. فجعل یقبّل رأسه یقول بأبی أنت و أمی! أبوک رسول الله یقرأک السلام».
جابر از کوچه‌های مدینه عبور می‌کرد تا اینکه به مکتب‌خانه‌ بچه‌ها رسید. در میان بچه‌ها چشمش به آقازاده‌ای افتاد و به او گفت: بیا جلو ببینم. آمد. سپس گفت: برو جلو. رفت. وقتی جابر شمایل این کودک را دید، گفت: قسم به آن خدایی که جان جابر در دست اوست! شمایل این بچه شمایل رسول الله (ص) است. سپس اسم آن کودک را پرسید. کودک پاسخ داد: «من محمد پسر علی بن حسین هستم». جابر وقتی فهمید این کودک همان امام باقر(ع) است، سر او را بوسه‌باران کرد و گفت: پدر و مادرم فدایت! جد تو رسول خدا (ص) به تو سلام رساند.
تا اینجای روایت را زیاد نقل کرده‌اند و شنیده‌ایم، ولی ادامه‌ای دارد که کمتر نقل شده است: «فرجع محمد بن علی إلی أبیه و هو ضعر، فأخبره. فقال له یا بنیّ، قد فعلها جابر؟ قال نعم. قال أعظم بیتک یا بُنیّ».
سپس امام باقر (ع) نزد پدرش امام سجاد(ع) برگشت، در حالی که ناراحت بود. خیلی عجیب است! اینکه رسول خدا به آدم سلام برساند ناراحتی دارد؟ حضرت به پدرش گفت جابر چنین حرکتی کرد. امام سجاد (ع) به پسرش فرمود: جابر چنین کاری کرد؟ فرمود: بله. حضرت پاسخ داد: در خانه بنشین و دیگر نباید بیرون بروی؛ چون جابر امر تو را فاش کرد. آن زمان، دوره قدرت بنی امیه و بنی مروان بود و نباید سرّ رسول الله (ص) درباره امام باقر (ع) فاش می‌شد، ولی جابر مرتکب چنین اشتباهی شده بود.
انسان هرچه بزرگ‌تر و والامقام‌تر باشد، اشتباهاتش نیز حساس‌تر می‌شود. فرمان یک ماشین خاموش را هر چه بچرخانیم خطری ندارد. ولی ماشینی که با سرعت زیاد حرکت می‌کند، با کوچک‌ترین انحرافی ممکن است از جاده خارج شود. افرادی مثل جابر، بزرگان شیعه هستند و به هیچ وجه نباید چنین اشتباهاتی از آن‌ها سر بزند. یکی از اشتباهات شیعه، همین است که اسرار را حفظ نمی‌کند. احادیث بسیاری درباره کتمان سرّ، تقیه و حفظ رازهای شیعه داریم. ولی گاهی رعایت نمی‌شود و باعث گرفتاری شیعیان می‌شود. در روایت داریم که فرمود: شما مثل زنبور عسل هستید. اگر بدانند در جوف شما چه عسلی است، شما را خواهند کشت و خواهند خورد. بنابراین، شیعه باید مراقب خودش باشد و به هیچ وجه، اسرارش را فاش نکند.
یکی دیگر از ویژگی‌های امام باقر(ع) این بود که عنایت ویژه‌ای داشت به کسانی که دنبال علوم اهل بیت(ع) می‌رفتند. امام باقر(ع) می‌فرمود پدرش امام سجاد(ع) هم این‌گونه بوده است. روایتی از حضرت هست که می‌فرماید: هر وقت پدرم امام سجاد(ع) می‌دید کسی دنبال علوم اهل بیت(ع) رفته، می‌فرمود: «مرحبا بوصیة رسول الله»، درود بر تو که وصایت پیامبر را داری. امام باقر(ع) همچنین می‌فرماید: «کان أبی زین العابدین، إذا نظر إلی الشباب الذین یطلبون العلم، أدناهم إلیه و قال مرحبا بکم أنتم ودائع العلم و یوشک إذ أنتم صغار قوم أن تکونوا کبار آخرین»، وقتی پدرم زین العابدین(ع) جوانانی را می‌دید که به دنبال علم رفته‌اند، آن‌ها را به خود نزدیک می‌کرد و به آن‌ها می‌گفت: شما گنجینه‌های علم هستید که به دنبال علم اهل بیت(ع) رفته‌اید. اگر شما را امروز تحویل نمی‌گیرند و در نظر بعضی کوچک و حقیر به نظر می‌رسید، در عوض نزد قوم دیگری بزرگ‌ و مورد احترام هستید. یعنی نزد رسول الله (ص) و اهل بیت(ع) او عزیز هستید.
در باب عبادت و تقوای امام باقر(ع) نیز مسائل فراوانی وجود دارد. حضرت غلامی داشت به نام افلح. او نقل می‌کند: «حججت مع أبی جعفر محمد الباقر فلما دخل إلی المسجد رفع صوته بالبکاء فقلت له بأبی أنت و أمی إن الناس ینظرونک فلو حفظت صوتک قلیلا. قال ویهک یا أفلح! إنی أرفع صوتی بالبکاء لعل الله ینظر إلی برحمة فأفوز بها غدا»، با امام باقر(ع) به حج رفتم. وقتی حضرت وارد مسجد الحرام شد، شروع کرد بلند بلند گریه کردن. به او گفتم: مردم دارند شما را نگاه می‌کنند. ای کاش صدایتان را کم می‌کردید! حضرت فرمود: وای بر تو ای افلح! من صدایم را به گریه بلند کردم، بلکه خداوند نظر رحمتی به من بیندازد و فردای قیامت پیش خدا سربلند باشم. افلح می‌گوید: امام طواف کرد و سپس به پشت مقام آمد، نماز خواند و سر به سجده گذاشت. هنگامی که سر از سجده برداشت و رفت، به جایگاه او رفتم و دیدم آن‌قدر در سجده گریه کرده که تمام سجده‌گاهش خیس شده است.  
امام باقر(ع) وقتی به حج می‌رفت، حجاج دور او جمع می‌شدند و از او استفتاء می‌کردند. پاسخ‌های حضرت به گونه‌ای بود که مردم از وسعت علم او تعجب می‌کردند. در روایتی هست که یکی از اصحاب در آنجا فریاد زد و گفت: «ألا إن هذا باقر علم الرسل، هذا مبین السبل، هذا خیر من رسخ فی أصلاب أصحاب السفینة، هذا ابن فاطمة الغراء العزراء الزهراء، هذا بقیة الله فی أرضه ناموس الدهر، هذا ابن محمد و خدیجة و علی و فاطمة، هذا منار الدین القائمة»، یعنی این شخص، شکافنده علوم انبیاء و روشن‌کننده راه‌ها است. این کسی است که از همه اصحاب سفینه، بلندمرتبه‌تر است. این فرزند فاطمه زهرا(س) است. این بقیه الله در زمین و ناموس دهر است. این فرزند محمد و خدیجه و علی و فاطمه است. این شخص، منار بلند دین است. چقدر عالی، زیبا و محکم درباره امام باقر(ع) صحبت کرده است.